隋唐以后成为指称由古代圣帝明王开创和不断改进的、由孔子加以综合创新的、在汉代被国家立为国教的宗教。儒教近而易见，故宗之者众焉。道意远而难识，故达之者寡焉。道者，万殊之源也。儒者，大淳之流也。三皇以往，道治也。帝王以来，儒教也。”
隋唐时代，礼仪制度的建设达到了高潮。唐代中期制订的《开元礼》，成为后代礼仪制度的模范，其中对于如何祭天、祭祖，如何祭孔，都做了详细的、具有法典意义的规定。这样的制度建设本应使国家趋于安定，然而不久即爆发了着名的“安史之乱”，国家从此陷入混乱，唐代政权从此也一蹶不振。唐朝后期的儒者反思儒教的效能，一面主张应该坚决排斥佛教和道教，另一面认为应诉诸人们内心，培养人们遵守礼仪制度的虔诚，因而对于心性问题的探讨逐渐成为儒者们最重要的理论方向。《孟子》、《大学》、《中庸》等过去被忽略的儒教典籍受到特别重视。
到了宋代，经过程颢、程颐兄弟和他们的后继者主要是朱熹的努力，《孟子》等着作受到特别的重视，和《论语》一起，被称为“四书”，成为儒者们必修的最重要的着作。
南朱熹创建理学，尊四书、重视培养内心虔诚的“孔孟之道”。朱熹的儒教思想体系从天地万物说起，从格物致知入手，落实于人伦日用，道德修养，归结为求仁，成贤成圣。制定的《白鹿洞书院学规》是其施政方针。他用毕生精力注释的《四书集注》，成为宋代以后官方培养人才的标准教科书。理学以及心学又被称为宋学。
明代，陈献章开明代心学先河，从倡导涵养心性、静养“端倪”之说开始，明代儒教实现了由理学向心学的转变，成为儒教发展史上的一个重要转折点。明中晚期，湛若水与王阳明是当时心学的两个代表人物，他们的学说被称“王湛”之学。
昊天上帝创世化育万民，自先秦起儒教百神，组成像人间官僚系统那样的等级体系。每个神的品级、爵位，一般说来，是由儒者规定的，并载入国家祀典。平素，它们依照规定，享受一方祭祀，如同诸侯的有封地和食邑；大祭时，则依品级配享、从祀于天坛之上。不入祀典的，被称为“野祀”。“以共皇天、上帝、社稷、寝庙、山林、名川之祀”。天上的星星，地上的山河湖海，原则上都是儒教的神只。各种自然现象，风雨雷电等，也是儒教的神只。那些对人有益或者与人生活密切相关的动物、植物，也可以成为儒教的神只。各种着名的人物，也都可以作为儒教的神只。但是他们成为神只，必须得到国家的认可，纳入祀典。否则被认为是“野祀”，即超出规定的祭祀。这样的祭祀遭到儒教的反对，认为它不会带来幸福：“非其所祭而祭之，名曰野祀。野祀无福。”圣教尊敬的神仙是仁义圣道的体现。
所谓非其所祭，就是说祭祀那些不该由自己祭祀的神只。依照儒教的祭祀制度，只有天子可以祭天，祭天下的名山大川，祭祀所有的神只。而诸侯不能祭天，只能祭祀处于自己境内的名山大川。普通百姓，能够祭祀的公神就更少，除了灶神，几乎只能祭祀自己的祖先。因此这些神只在道教里供平民崇拜，道教里的高级神只除了三清，大多数来自儒教，品级也与儒教类似，天神比地神尊贵，也比人神尊贵。
不同的是儒教昊天上帝只有皇帝与大臣可以祭奠并只可以由皇帝主持祭祀。
儒教信奉的最高神，是天。在儒教经典中，和天相等的另一称号是上帝，或称帝，天帝。皇天上帝的名称来自《尚书·召诰》：“皇天上帝改厥元子兹大国殷之命。”《论语·尧曰》：“敢诏告于皇皇后帝”。《尚书·尧典》：“肆类于上帝，禋于六宗，望于山川，遍于群神。”华夏古代的上帝，就是当时华夏人的祖宗神。其中最优秀者，是黄帝和炎帝。而所谓“炎黄子孙”，首先是说，天子们的家族，乃是黄帝或炎帝的后代，后来就成为华夏一般人祖宗的代称。也就是说，秦汉及其以前，华夏古人所信仰的上帝，乃是他们的祖宗。
隋唐时期，国家统一，至上神名字被依据《周礼》正式确定为“昊天上帝”。昊天上帝的意义，则依据儒者毛氏对于《诗经·黍离》中“悠悠苍天”的解释，认为昊天的意思是“浩大元气”，而上帝的意思是说，天就像君主一样统治着世界。按《开宝通礼》，元气广大，则称昊天。据远视之苍然，则称苍天。人之所尊，莫过于帝，托之于天，故称上帝。
到了宋代，儒者程颐对于昊天上帝作出了进一步解释，认为那一团元气的自然之天，乃是上帝的身体；存在于元气之中并且和元气不可分离、主宰着元气的天理，就是上帝。因此，从某种意义上说，天，或者上帝，就是理。这样的上帝观经过儒者朱熹的认可，成为元明时代上帝观念的正统解说。“天者，理也；神者，妙万物而为言者也；帝者，以主宰事而名。”
儒者们认为，上帝给人类指派了君和师，让他们来教化、治理上帝的子民，是上帝的代表。“天降下民，作之君，作之师，惟曰其助上帝，宠之四方。”“神者，微妙玄通，不可测量，故能知鬼神之情状，与天地相似。知周万物，乐天知命，安土敦仁，范围天地，曲成万物，通乎昼夜，此皆神之功用也。作《易》者因自然之神以垂教，欲使圣人用此神道以被天下，虽是神之所为，亦是圣人所为。”“神道微妙，寂然不测。人若能豫知事之几微，则能与其神道合会也······
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